Em Janeiro de 1971, o “Pe. Joãozinho da Seara” parte em missão, para Timor. Depois de algumas visitas a Portugal, já nos finais dos anos 90, do século XX, regressa a Timor e vive os trágicos acontecimentos que se seguiram depois do Referendo de Agosto de 1999, que dita a vitória da independência de Timor Loro Sae.
Ao longo da sua vida, o seu trabalho foi amplamente reconhecido por Portugal e por Timor-Leste. Em 2002, foi condecorado pelo Presidente Jorge Sampaio com a Ordem da Liberdade. Em 2016, recebeu do Presidente Taur Matan Ruak a Insígnia da Ordem de Timor-Leste, em reconhecimento pelo seu papel como educador e defensor da identidade cultural timorense. A 4 de fevereiro de 2017, com o apoio expresso de Xanana Gusmão, é inaugurada a escola “Amigos de Jesus”, onde o português marca presença. Mais recentemente, em 2022, foi agraciado pelo Presidente Marcelo Rebelo de Sousa com a Grã-Cruz da Ordem de Camões, destacando o seu contributo para a difusão da língua e cultura portuguesas.
A 10 de setembro de 2024, de visita ao continente asiático, o Papa Francisco passou por Timor-Leste e fez questão de homenagear o pároco natural das Taipas.
Aos 105 anos de idade, a ação missionária deste taipense continua a ser um excelente exemplo da união dos portugueses aos timorenses.
Pode ver a entrevista ao Pe João Felgueiras, ao jornal Reflexo, realizada a 27 de setembro de 2019
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